Az emberi szervezetben a klór leginkább a nátriumhoz, és a káliumhoz kötődve fordul elő testünk folyadéktereiben, illetve a gyomorsavban, mint a sósav alkotójaként. Így fontos szerepet játszik a sav-bázis egyensúly, valamint a só- és vízháztartás fenntartásában, illetve a gyomorsav-termelés, és emésztés folyamatának előkészítésében.
A klór természetes étkezési forrását a konyhasó jelenti, mely kétszer annyi kloridot tartalmaz, mint nátriumot. Mivel konyhasóból alapjába véve a túlfogyasztás jellemezi a mai embert, ezért a klór hiánya gyakorlatilag nem ismert. Sajnos ezt fejeli meg a klórozott csapvíz is, mely szintén jelentősen növeli a klórfogyasztást. Szervezetünk csodálatos toleráló képességének köszönhetően túladagolás mégsem jön létre, kivéve a konyhasó hosszabb ideig tartó extrém magas fogyasztása esetén.
Mérgezési tünetek jelentkezhetnek a klórgáz belélegzésénél, mely a nyálkahártyát, és a tüdőt károsíthatja.
